Lorsque le CQI a commencé à travailler au Honduras, il s'agissait d'un producteur de produits de base et vendait même le café en dessous du marché C. En 2006, pendant le programme CADR, le CQI a joué un rôle essentiel dans l'amélioration du secteur du café au Honduras. Après des efforts considérables, des réunions avec les exportateurs, une formation à la dégustation et une aide à la commercialisation, plusieurs exportateurs se sont impliqués dans la sélection de lots de spécialités et ont utilisé la dégustation comme outil.
Le Honduras jouit d'un climat idéal, de belles montagnes, et compte souvent des régions très éloignées, ce qui fait de la périssabilité un facteur. Le CQI et d'autres organisations internationales ont travaillé au Honduras pour améliorer la qualité à tous les niveaux. Le Honduras est maintenant devenu l'un des fournisseurs les plus réguliers de cafés de spécialité. Aujourd'hui, plus de 30 % de leur café est de spécialité et le prix moyen est bien supérieur à celui du marché C.
Pour le programme Q, en 2009-2010, le CQI a reçu une subvention du groupe néerlandais SNV afin d'augmenter le nombre de classificateurs Q et, par ce biais, a également débusqué un instructeur Q, Rolando Canas, qui est actif dans le monde entier au nom du CQI à la fois comme instructeur Q et comme formateur au niveau des producteurs. Le partenaire national du Honduras était auparavant uniquement l'association des exportateurs, mais il partage désormais cette responsabilité avec l'organisation nationale IHCAFE, qui dispose d'un centre de formation haut de gamme. Rolando a permis au Honduras de rester à jour avec le programme Q, mais le Honduras pourrait encore bénéficier d'une assistance technique supplémentaire. Comme dans de nombreux pays d'Amérique centrale, la rouille du café a été un problème sérieux au cours des dernières années.
